Teadlased, kes kirjeldavad magnetteraapia meetodi mõju, arvavad, et magnetvälja toime aluseks on paljude rakusiseste struktuuride baasiks olevate vedelkristallide orientatsiooniline ümberehitus.
Magnetvälja kasutamise efekt ilmneb mikrotsirkulatsiooni paranemises, rakumembraanide läbilaskvuse tõusmises, biokeemiliste reaktsioonide kiirenemises, kahjustatud kudede regenereerimises ning tursete vähenemises. Magnetvälja kasutamine aitab saavutada valuvaigistavat, põletikuvastast ja immuunkorrigeerivat efekti, kiiret luumurdude paranemist ning suurendada töövõimet.
Eraldi võib lisada paar sõna magnetteraapia mõjust verele. Hemoglobiini aatomitele (Fe – raud) on omane magnetefekt, seepärast vaadeldakse verd kui magnetiga küllastatud keskkonda. Magnetvälja mõju verele aitab tõsta ka vere omadust end hapnikuga küllastada, mis toob endaga kaasa ka kõikide kudede ja organite parema toitumise.
Magnetvälja mõju avaldub suuremal määral närvi-ja endokriinsüsteemile ning südame- ja veresoonkonnale. Madalsageduse magnetväljad stimuleerivad neerupealiste, kilpnäärme, suguorganite ning teiste endokriinnäärmete tööd, mis aitab oluliselt tõsta organismi
resistentsust ja vastupidavust haiguste suhtes.
Haiguste loetelu, mille puhul kasutatakse magnetteraapiat on väga lai. Need on neuroloogiliste nähtustega selgroo osteohondroos, selgroo traumad, reumaatilised haigused, operatsioonijärgsed ning traumajärgsed tursed, luumurrud, põletushaavad, artroosid, hüpertoonia jt.